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ATLASEA UN ATLAS DES GÉNOMES MARINS
ILLE-ET-VILAINE + GUADELOUPE, FRANCE  •  PHOTOS © ANTOINE MERLET / AGENCE ZEPPELIN
Le programme ATLASea rejoint celui de « La Planète Revisitée » pour collecter et référencer des milliers de spécimens le long du littoral français. Un partenariat qui ambitionne de créer un grand atlas du génome des espèces marines. L'objectif ? Identifier des molécules biologiques à même d'être employées à des fins scientifiques ou industrielles. Il s'agira également de cibler les invasions d'espèces au regard des différents milieux écologiques.
[Ille-et-Vilaine] À bord du Louis Fage, chalutier de recherche de la Station marine de Dinard, les scientifiques réalisent un draguage.





[Ille-et-Vilaine] Loïc Le Goff, pilote du chalutier scientifique, vérifie le contenu de la drague afin d'identifier le milieu échantillonné et la qualité de la récolte. Si le milieu ou le contenu semblent pauvres, un nouveau transect sera effectué.

[Ille-et-Vilaine] Jérôme Jourde actionne une benne de type « Van Veen ». Lorsque cette grosse pince touche le fond, elle se referme lors de la traction du treuil. La benne capture ainsi les sédiments sur une épaisseur de 30 centimètres.


[Ille-et-Vilaine] Afin de gagner du temps, les scientifiques opèrent un premier tamisage à bord du chalutier, autour du port de Saint-Malo. Ces milieux abritent une biodiversité spécifique méconnue.

[Ille-et-Vilaine] Pendant le tamisage se révèle petit à petit une faune représentative des milieux sablo-vaseux. Ici des annélides ont été repérés sous l'eau claire ; ils seront mis à l'écart dans une boîte.
Le projet DIVE-Sea

Co-piloté par le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), le programme ATLASea vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines de métropole et des territoires ultramarins. La campagne de collecte a été amorcée le 25 juin 2024 à la station marine de Dinard (Ille-et-Vilaine) sous le nom de « projet DIVE-Sea ». Coordonnée par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), elle s'achèvera en 2029 avec la publication d'un grand atlas génomique, une base de données ouvertes et accessibles à la communauté internationale.
[Saint-Malo, Ille-et-Vilaine] Les plongeurs se mettent à l'eau sur des sites désignés lors de la stratégie d'échantillonnage. L'objectif est de varier les milieux et les profondeurs pour maximiser la diversité des espèces collectées. Avant de remonter, ils vérifient dans l'eau le contenu de leur collecte et le bon conditionnement des prélèvements, comme ici à proximité de l'île Cézembre.





[Dinard, Ille-et-Vilaine] Chaque bidon est identifié avec un « code station » qui permet de tracer les lieux, dates, horaires et moyens de collecte. Les grands bacs ne pouvant pas être transvasés, ils sont remplis à mi-hauteur et chargés directement dans le véhicule avec des pains de glace (ci-contre des bouteilles) pour garder leur fraîcheur.

[Dinard, Ille-et-Vilaine] Les prélèvements sont tamisés au laboratoire sur différentes mailles (ci-contre deux tamis) afin de séparer les fractions. Le tamisage permet d'éliminer les sédiments et de séparer les fractions de spécimens récoltés en vrac. Ainsi le tri à l'œil nu et la récupération des organismes gagnent-ils en efficacité.


[Dinard, Ille-et-Vilaine] Tous les jours, un tableau recense les lieux, dates, horaires et moyens de collecte. Ces « codes station » suivent les spécimens sur toute la chaîne de tri. Ces données sont aussi valorisées dans l'Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) avec, si possible, des informations plus qualitatives sur le milieu échantillonné.

[Dinard, Ille-et-Vilaine] Après tamisage, les collectes font l'objet d'un premier tri (ci-contre les grosses fractions). Les organismes sont alors isolés par grand groupe taxonomique : mollusques, crustacés, annélides… Une étiquette est présente dans chaque coupelle afin de conserver les coordonnées géographiques des différents prélèvements.
[Dinard, Ille-et-Vilaine] Chaque échantillon est pesé, identifié puis répertorié le plus rapidement possible avant cryoconservation et stockage. Ci-contre, Bertrand Bed'Hom fait scanner le code-barres d'un échantillon avant de l'immerger dans de l'azote liquide. Ce « flash-freezer » à –196°C permet une congélation instantanée des tissus et une meilleure conservation de l'ADN. À droite, Katia Ortiz réalise un prélèvement sanguin post mortem sur une raie brunette (Raja undulata). Tous ces prélèvements seront analysés au Génoscope, à Évry.





[Dinard, Ille-et-Vilaine] À l'aide d'une loupe, Jean-Louis Delemarre, taxonomiste spécialiste des mollusques, tente d'identifier une espèce de petite taille. Près des trois quarts de la biodiversité marine est constituée d'organismes présentant une taille inférieure à 4 centimètres.

[Dinard, Ille-et-Vilaine] La préparation des spécimens est différente pour chaque espèce. Ici un hydraire, de la famille des cnidaires, cousins des méduses et des coraux. Les techniciens tentent de prélever les polypes et de séparer les éventuels organismes épiphytes pour limiter la contamination du prélèvement.
Le Génoscope

Le séquençage d'un génome est une opération longue et nécessitant des équipements de haute technologie. Cela ne peut se faire sur le terrain. Les échantillons collectés lors des missions DIVE-Sea sont donc acheminés au Génoscope, le centre national de séquençage, à Évry.
[Évry, Essonne] Les échantillons ont été regroupés dans des petits filets lors d'une mission DIVE-Sea. À leur réception au Génoscope, les tubes sont extraits des filets et posés un à un sur la carboglace pour préserver le froid. Les identifiants et code-barres de chaque tube sont alors scannés et vérifiés.





[Évry, Essonne] Les tubes réceptionnés après les missions d'échantillonnage sont stockés dans des congélateurs à –80°C pour préserver la qualité des tissus.

[Évry, Essonne] Le morceau de tissu d'un organisme prélevé lors d'une mission d'échantillonnage DIVE-Sea est pesé avec une balance de précision.


[Évry, Essonne] Un technicien de laboratoire broie le tissu organique avec un pilon dans un mortier dans lequel il verse de l'azote liquide. La poudre obtenue est transférée dans un tube contenant des réactifs pour pratiquer l'extraction de l'ADN. Il est essentiel de conserver la chaîne du froid pour éviter que les molécules d'ADN ne se dégradent.

[Évry, Essonne] Barbara Estrada, technicienne supérieure de laboratoire, réalise une extraction d'ADN d'un des organismes prélevés lors d'une mission d'échantillonnage DIVE-Sea. L'extraction d'ADN nécessite quelquefois l'utilisation d'agents chimiques imposant de travailler sous hotte (pour protéger les manipulateurs).
[Évry, Essonne] Claudine Louesse, technicienne supérieure de laboratoire, utilise des robots pipeteurs pour distribuer les réactifs utilisés pour la préparation des banques de séquençage. Elle vérifie que les réactifs ont été correctement distribués dans la plaque.





[Évry, Essonne] Julie Batisse, technicienne supérieure de laboratoire, prépare le séquenceur NovaSeq X+ (Illumina). Les banques d'ADN préparées sont ensuite décryptées par le séquenceur. Il lit l'ADN pour déterminer l'ordre des bases qui le constituent. L'ADN est constitué de 4 molécules dont l'enchaînement précis singularise chaque organisme.

[Évry, Essonne] Toutes les informations relatives aux expériences menées sur chaque organisme sont renseignées dans une base de données. La traçabilité est primordiale tout au long du projet. Elle permettra au Génoscope de renseigner les bases de données publiques au moment où les résultats seront mis à disposition des chercheurs internationaux.
La Planète Revisitée

« La Planète Revisitée » est un programme d'inventaires naturalistes organisés par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) depuis 2006. Du 27 septembre au 11 novembre 2024, une soixantaine de scientifiques sont cette fois été mobilisés pour explorer les îles du sud de la Guadeloupe : La Désirade, Marie-Galante et Les Saintes. Porté par l'Agence régionale de la biodiversité des Îles de Guadeloupe (ARB-IG), en collaboration avec l'Office français de la biodiversité (OFB), ce projet étudie la biodiversité dite « négligée » (mousses, insectes, petits invertébrés, champignons, etc.). Il est composé de 2 volets : un volet terrestre et un volet marin. Ce dernier a d'ailleurs été rejoint par les équipes du projet DIVE-Sea/ATLASea.
[Guadeloupe] Vue sur Terre-de-Bas au premier plan, et Terre-de-Haut au second plan (avec le Chameau à droite, et Îlet à Cabrit à gauche).





[Guadeloupe] Rémy, Dominique Lamy et Michel Le Gall remontent la drague de type « rosado » et vont verser son contenu dans un bac qui sera ensuite tamisé au laboratoire.

[Guadeloupe] Le contenu de la drague est versé dans un bac, puis arrosé d'eau de mer afin de préserver la fraîcheur de la collecte jusqu'au laboratoire.
[Guadeloupe] Organisation et préparation des différents bateaux avant les plongées en mer.





[Guadeloupe] Début de plongée avec un filet spécial qui permet au plongeur de capturer les organismes vivant dans la colonne d'eau, sur le même principe qu'un filet à papillon.

[Guadeloupe] Les plongeurs capturent des spécimens de toute taille. Les plus grands restent exceptionnels, comme ici un crabe-araignée, le pic de diversité se situant plutôt autour du centimètre.


[Lieu, Pays] Laure Corbari tamise les prélèvements, une opération décisive dans la chaîne du tri et de recensement de la biodiversité. Les prélèvements sont tamisés sur différentes mailles afin de séparer les fractions. Cela permet une plus grande efficacité lors de la phase de tri pour récupérer les organismes.

[Guadeloupe] Le poste de tamisage est situé à proximité du bord de mer afin de faciliter le pompage et l'évacuation de l'eau de mer nécessaire aux opérations. Certaines collectes riches en éponges obligent les tamiseurs à utiliser des gants pour éviter les irritations liées aux spicules (corpuscules minéraux solides) des porifères.
[Guadeloupe] Le laboratoire est organisé en « îlots » comme autant de grands groupes taxonomiques (phylums). Au premier plan, les phycologues identifient les algues collectées et préparent des planches d'herbier.





[Guadeloupe] Chaque poisson fait l'objet d'un examen morphologique minutieux pour en déterminer l'espèce. Tout ce qui n'est pas conservé pour l'étude sera remis le plus rapidement possible dans son milieu d'origine.

[Guadeloupe] Chaque organisme/spécimen est identifié puis photographié, comme ici avec Gilberto Marani, pour constituer une base de données de référence gérée par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN).


[Guadeloupe] Lors de la dissection d'un turbot paon (Bothus lunatus), sa peau est minutieusement incisée pour prélever son muscle. L'échantillon sera mis en cryotube en vue du séquençage de son génome.

[Guadeloupe] Les cryotubes contenant les tissus des espèces échantillonnées sont stockés dans des réservoirs d'azote liquide (–196°C) le temps de leur transfert dans un congélateur à –80°C.
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LE PHOTOGRAPHE  ANTOINE MERLET
Photoreporter indépendant, Antoine travaille pour la presse régionale et nationale. Après avoir donné des cours de sport pendant cinq ans, il s'est engagé dans le journalisme, orientant ses travaux vers les luttes sociales. Il aime prendre le temps de comprendre un sujet avant de s'y engouffrer. Exposé aux Rencontres d'Arles en 2017, à la Galerie VU' en 2020, et projeté au festival Visa pour l'image en 2021, il sait sortir de sa zone de confort pour travailler avec des rédactions comme M Le Monde, Télérama, Le Figaro, Libération, La Croix, ou encore Vice.